При загрузке Linux не указывает настройки последовательных устройств, которые я задал
Это не совсем так. Linux не пытается обнаружить IRQ при запуске, он делает только обнаружение последовательных устройств. Таким образом неважно, что он говорит о IRQ, потому что он принимает только стандартные IRQS.
Но когда при загрузке setserial изменяет IRQ, вы должны увидеть это на экране.
Так, например, при том, что я устанавливаю ttyS2 на IRQ 5, я вижу
Jan 23 22:25:28 misfits vmunix: tty02 at 0x03e8 (irq = 4) is a 16550A
вначале загрузки Linux. Вы должны использовать setserial, чтобы сообщить Linux IRQ, который вы используете.
